| 福井県カテゴリー | 分類 | 目和名 | 種和名 | 学 名 | 環境省カテゴリー |
| 県域絶滅 | 哺乳類 | ネコ目（食肉目） | ニホンオオカミ | Canis lupus hodophilax Temmink | 絶滅 |
| 県域絶滅 | 哺乳類 | ネコ目（食肉目） | ニホンカワウソ | Lutra Nippon Imaizumi & Yoshiyuki | 絶滅危惧ⅠＡ類 |
| 絶滅危惧Ⅱ類 | 哺乳類 | コウモリ目（翼手目） | ヒナコウモリ | Vespertilio superans Thomas | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| 絶滅危惧Ⅱ類 | 哺乳類 | コウモリ目（翼手目） | テングコウモリ | Murina leucogaster Milne-Edwards | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| 県域準絶滅危惧 | 哺乳類 | コウモリ目（翼手目） | ユビナガコウモリ | Miniopterus fuliginosus (Hodgson) | |
| 県域準絶滅危惧 | 哺乳類 | ネズミ目（げっ歯目） | ニホンモモンガ | Pteromys momonga Temminck | |
| 県域準絶滅危惧 | 哺乳類 | ネズミ目（げっ歯目） | ヤマネ | Glirulus japonicus (Schinz) | 準絶滅危惧 |
| 県域準絶滅危惧 | 哺乳類 | ネコ目（食肉目） | ホンドオコジョ | Mustela erminea nippon Cabrera | 準絶滅危惧 |
| 要注目 | 哺乳類 | モグラ目（食虫目） | カワネズミ | Chimarrogale platycephala (Temminck) | |
| 要注目 | 哺乳類 | コウモリ目（翼手目） | モモジロコウモリ | Myotis macrodactylus (Temminck) |