| 福井県カテゴリー | 分類 | 目和名 | 種和名 | 学 名 | 環境省カテゴリー |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | コイ目 | アカヒレタビラ | Acheilognathus tabira subsp.1 | |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | コイ目 | イチモンジタナゴ | Acheilognathus cyanostigma Jordan et Fowler | 絶滅危惧ⅠＢ類 |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | コイ目 | ハス | Opsarichthys uncirostris uncirostris (Temminck et Schlegel) | |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | コイ目 | ナガレホトケドジョウ | Lefua sp. | 絶滅危惧ⅠＢ類 |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | コイ目 | ホトケドジョウ | Lefua echigonia Jordan et Richardson | 絶滅危惧ⅠＢ類 |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | トゲウオ目 | 陸封型イトヨ | Gasterosteus sp. | 地域個体群 |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | トゲウオ目 | トミヨ | Pungitius sinensis (Guichenot) | |
| 県域絶滅危惧Ⅰ類 | 淡水魚類 | ダツ目 | クルメサヨリ | Hemiramphus kurumeus (Jordan et Starks) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | ヤツメウナギ目 | スナヤツメ | Lethteron reissneri (Dybowski) | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | ヤツメウナギ目 | カワヤツメ | Lethteron japonicum (Von Martens) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | サケ目 | イワナ | Salvelinus leucomaenis (Pallas) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | サケ目 | サクラマス（ヤマメ） | Oncorhynchus masou (Brevoort) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | サケ目 | ワカサギ | Hypomesus trarspacificus nipponensis (Dybowski) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | サケ目 | シラウオ | Salangichthys microdon Bleeker | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | コイ目 | アブラボテ | Tanakia limbata (Temminck et Schlegel) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | コイ目 | アジメドジョウ | Niwaella delicata (Niwa) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | コイ目 | スジシマドジョウ | Cobitis taenia striata Ikeda | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | ナマズ目 | アカザ | Liobagrus reini Hilgendorf | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | ダツ目 | メダカ | Oryzias latipes (Temminck et Schlegel) | 絶滅危惧Ⅱ類 |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | トゲウオ目 | 降海型イトヨ | Gasterosteus aculeatus (Linnaeus) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | スズキ目 | シンジコハゼ | Chaenogobius sp.3 | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | スズキ目 | ジュズカケハゼ | Chaenogobius laevis (Steindachner) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | スズキ目 | クロヨシノボリ | Rhinogobius sp. DA | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | スズキ目 | カワヨシノボリ | Rhinogobius flumineus (Mizuno) | |
| 県域絶滅危惧Ⅱ類 | 淡水魚類 | カサゴ目 | カマキリ（地方名、アラレガコ） | Cottus kazika Jordan et Starks | |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | ウナギ目 | ウナギ | Anguilla japonicum Temminck et Schlegel | |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | サケ目 | サケ | Oncorhynchus keta (Walbaum) | |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | コイ目 | イトモロコ | Squalidus gracilis gracilis (Temminck et Schlegel) | |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | コイ目 | ムギツク | Pungtungia herzi Herzenstein | |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | スズキ目 | シロウオ（地方名、イサザ） | Leucopsarion petersii Hilgendorf | 準絶滅危惧 |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | スズキ目 | トウヨシノボリ | Rhinogobius sp. OR | |
| 県域準絶滅危惧 | 淡水魚類 | カサゴ目 | カジカ | Cottus pollux G?nther | |
| 要注目 | 淡水魚類 | カサゴ目 | 回遊型カジカ | Cottus sp. |