- 第2回調査で12科37種(移入魚2科2種)が生息し、第1回調査に比べ12種が増加した。前後2回の調査では、15科39種(うち移入魚2科2種)が確認された。
- 新しく確認され注目された魚種は、ヨシノギリ類の3種(シマヨシノボリ、オオヨシノボリ、ルリヨシノボリ)、シラウオ、カマキリ、アブラボテ、サケなどで、ヨシノボリ類以外はすべて減少種である。また第2回調査未確認の魚類はウナギとスズキの2種で、ウナギは減少種といえる。
- 本流における流れにそった分布は、源流の湧水の出る阿原ヶ池でスナヤツメ、タカハヤ、ドジョウ、シマドジョウ、ホトケドジョウ、メダカが確認された。
- 敦賀市州杉箸から疋田付近の上流域下部では、イワナ、ヤマメとアマゴ (混性)、アブラハヤ、タカハヤ、カワムワB型、ウグイ、ドジョウ、シマドジョウ、アユ、河川型カジカ、オオヨシノボリが生息した。この水域一帯は第1回調査でかなりのアジメドジョウが生息していたが、第2回調査では全く確認できず、生息しなくなったものと思われる。
- 疋田の下から敦賀市和久野の中流域では、アユ、カワムワB型、アブラハヤ、タカハヤシマドジョウ、ドンコ、シマヨシノボリ、ルリヨシノボリが生息した。下流域の敦賀市三島付近では、アユ、コイ、ギンブナ、オイカワ 、アブラハヤ、ウグイ、ナマズ、カマキリの他、ドンコ、シラウオ、ウキゴリ、マハゼなどが生息した。河口付近の汽水域では、イシガレイ、クサフグ、ボラ、メナダ、セスジボラなどの周縁魚が侵入していた。
- 支流の黒河川上流には、イワナとアマゴ、少数ながらアジメドジョウと河川型カジカの両種が生息した。
- 木の芽川では上流域にイワナ、ヤマメとアマゴ、中流域ではごく少数のアブラボテが確認された。
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