- 第2回調査では12科40種(うち2科4種の移入魚)が生息し、第1回調査に比べ5種増加した。前後2回の調査では、14科44種(うち2科4種の移入魚)が確認された。
- 新たに確認された魚種は、アブラハヤ、アブハゼ、ヨシノボリ類の2種、チチブ類の2種、ミミズハゼ、河川型カジカと降海型カジカ、カマキリ、サツキマス などである。
- 第2回調査の未確認種はカワヤツメ、ウナギ、サクラマス、アカヒレタビラ、メダカの5種で、新たに確認されたホトケドジョウとともに、すべて近年減少の一途をたどっている魚種である。
- 流れにそった分布では、谷口付近より上の上流域では、ヤマメとアマゴ (混生)、カワムワB型、タカハヤ、河川型カジカが生息した。棚橋から中井までの中流域ではカワムラB型、オイカワ 、ウグイ、カマツカ、アブラハヤ、ムギフク、イトモロコ などが多く、オオヨシノボリと少数のホトケドジョウが生息した。
- 湯岡から下の下流域では、サケ(秋季)、カマツカ、ウグイ、オイカワ 、ギンブナの他、チチブとヌマチチブ、シマヨシノボリが生息し、少数の陸海型カジカとカマキリが確認された。
- 河口付近の汽水域ではアベハゼ、チチブ、ゴクラクハゼ、ミミズハゼ、シロウオなどが生息した。
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