| 番号 | 魚種\調査 | 第1回 | 第2回 | 全調査 | 番号 | 魚種\調査 | 第1回 | 第2回 | 全調査 |
| 5 | イワナ | ○ | ○ | 54 | ドンコ | ○ | ○ | ||
| 7 | ヤマメ | ○ | ○ | ○ | 55 | シマヨシノボリ | ○ | ○ | |
| 8 | アマゴ | ● | ● | 56 | ルリヨシノボリ | ○ | ○ | ||
| 10 | アユ | ○ | ○ | ○ | 57 | オオヨシノボリ | ○ | ○ | |
| 12 | ウグイ | ○ | ○ | 58 | トウヨシノボリ | ○ | ○ | ||
| 14 | タカハヤ | ○ | ○ | ヨシノボリ類 | ○ | ||||
| 16 | カワムツB型 | ○ | ○ | 63 | ウキゴリ | ○ | ○ | ||
| 35 | ドジョウ | ○ | ○ | ウキゴリ類 | ○ | ||||
| 37 | シマドジョウ | ○ | ○ | ○ | 71 | 河川型カジカ | ○ | ○ | |
| 38 | アジメドジョウ | ○ | ○ | ○ | 科数 | 7 | 7 | 8 | |
| 39 | ホトケドジョウ | ○ | ○ | 総魚種数 | 12 | 15 | 20 | ||
| 40 | ナマズ | ○ | ○ | ○ | 移入魚種数 | 1 | 0 | 1 | |
| 42 | アカザ | ○ | ○ | 在来魚種数 | 11 | 15 | 19 |