| 番号 | 魚種 | 第1回 | 第2回 | 全調査 | 番号 | 魚種 | 第1回 | 第2回 | 全調査 |
| 1 | スナヤツメ | ○ | ○ | 44 | ドンコ | ○ | ○ | ||
| ヤマメ | ○ | ○ | ○ | 47 | シマヨシノボリ | ○ | ○ | ||
| 10 | アユ | ○ | ○ | ● | 49 | オオヨシノボリ | ○ | ○ | |
| 11 | ウグイ | ○ | ○ | ○ | ヨシノボリ類 | ○ | |||
| 12 | アブラハヤ | 50 | カワヨシノボリ | ○ | ○ | ||||
| 13 | タカハヤ | ○ | ○ | ○ | 51 | チチブ | ○ | ○ | |
| 14 | オイカワ | ● | ● | ● | 52 | ヌマチチブ | ○ | ○ | |
| 15 | カワムツB型 | ○ | ○ | ○ | 56 | スミウキゴリ | ○ | ○ | |
| 23 | コイ | △ | ○ | ○ | 58 | マハゼ | ○ | ○ | |
| 24 | ギンブナ | ○ | ○ | 59 | アシシロハゼ | ○ | ○ | ||
| フナ類 | ○ | 60 | ミミズハゼ | ○ | ○ | ||||
| 29 | ドジョウ | ○ | ○ | ○ | 61 | シロウオ | ○ | ○ | |
| 30 | シマドジョウ | ○ | ○ | ○ | 62 | クサフグ | ○ | ○ | |
| 33 | ナマズ | △ | △ | 63 | ヒガンフグ | ○ | ○ | ||
| 34 | アカザ | ○ | ○ | 64 | 河川型カジカ | ○ | |||
| 35 | メダカ | ○ | ○ | カジカ類 | ○ | ||||
| 38 | メナダ | ○ | ○ | 科数 | 8 | 11 | 14 | ||
| 40 | スズキ | ○ | ○ | 総魚種数 | 14 | 28 | 31 | ||
| 42 | シマイサキ | ○ | ○ | 移入魚種数 | 1 | 1 | 1 | ||
| 在来魚種数 | 13 | 27 | 30 | ||||||
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