| 番号 | 魚種 | 第1回 | 第2回 | 全調査 | 番号 | 魚種 | 第1回 | 第2回 | 全調査 |
| 5 | イワナ | ○ | ○ | 44 | ドンコ | ○ | ○ | ||
| 7 | サクラマス | △ | △ | 47 | シマヨシノボリ | ○ | ○ | ||
| ヤマメ | ○ | ○ | 48 | ルリヨシノボリ | ○ | ○ | |||
| アマゴ | ● | ● | ヨシノボリ類 | ○ | |||||
| 9 | ニジマス | ● | ● | 56 | スミウキゴリ | ○ | ○ | ||
| 10 | アユ | ○ | ○ | ○ | 57 | シマウキゴリ | ○ | ○ | |
| 11 | ウグイ | ○ | ○ | ○ | ウキゴリ類 | ○ | |||
| 13 | タカハヤ | ○ | ○ | ○ | 64 | 河川型カジカ | ○ | ||
| 30 | シマドジョウ | ○ | ○ | カジカ類 | ○ | ||||
| 31 | アジメドジョウ | ○ | ○ | ○ | 66 | カマキリ | ○ | ○ | |
| 34 | アカザ | ○ | ○ | ||||||
| 科数 | 7 | 4 | 7 | ||||||
| 総魚種数 | 14 | 9 | 17 | ||||||
| 移入魚種数 | 2 | 0 | 2 | ||||||
| 在来魚種数 | 12 | 9 | 15 | ||||||
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