| 番号 | 魚種 | 第１回 | 第２回 | 全調査 | 番号 | 魚種 | 第１回 | 第２回 | 全調査 | 番号 | 魚種 | 第１回 | 第２回 | 全調査 |
| 1 | スナヤツメ | ○ | ○ | 20 | タモロコ | ○ | ○ | 43 | クロダイ | ○ | ○ | |||
| 3 | ウナギ | △ | △ | 21 | イトモロコ | ● | ● | 46 | ゴクラクハゼ | ○ | ○ | |||
| 4 | コノシロ | ○ | ○ | 22 | モツゴ | ○ | ○ | 47 | シマヨシノボリ | ○ | ○ | |||
| 5 | イワナ | ○ | ○ | ○ | 23 | コイ | ○ | ○ | ○ | 49 | オオヨシノボリ | ○ | ○ | |
| 6 | サケ | △ | △ | 24 | ギンブナ | ○ | ○ | ヨシノボリ類 | ○ | |||||
| 7 | サクラマス | △ | ○ | ○ | フナ類 | ○ | 52 | ヌマチチブ | ○ | ○ | ||||
| ヤマメ | ○ | ○ | ○ | 25 | ヤリタナゴ | ○ | ○ | チチブ類 | ○ | |||||
| 8 | サツキマス | ● | ● | 26 | アブラボテ | ○ | ○ | 53 | シマハゼ類 | ○ | ○ | |||
| アマゴ | ● | ● | 28 | タイリクバラタナゴ | ● | ● | ● | 55 | ウキゴリ | ○ | ○ | |||
| 9 | ニジマス | ● | ● | 29 | ドジョウ | ○ | ○ | ○ | 58 | マハゼ | ○ | ○ | ||
| 10 | アユ | ○ | ○ | ○ | 30 | シマドジョウ | ○ | ○ | ○ | 61 | シロウオ | ○ | ○ | |
| 11 | ウグイ | ○ | ○ | ○ | 32 | ホトケドジョウ | ○ | ○ | 62 | クサフグ | ○ | ○ | ||
| 12 | アブラハヤ | ○ | ○ | 33 | ナマズ | ○ | ○ | ○ | 63 | ヒガンフグ | ○ | ○ | ||
| 13 | タカハヤ | ○ | ○ | ○ | 34 | アカザ | ○ | ○ | ○ | 64 | 河川型カジカ | ○ | ○ | |
| 14 | オイカワ | ● | ● | ● | 36 | 陸海型イトヨ | △ | △ | 65 | 陸海型カジカ | ○ | ○ | ||
| 15 | カワムツB型 | ○ | ○ | ○ | 37 | ボラ | ○ | ○ | ○ | カジカ類 | ○ | |||
| 16 | ビワヒガイ | ● | ● | 38 | メナダ | ○ | ○ | 66 | カマキリ | △ | ○ | ○ | ||
| ヒガイ類 | ● | 39 | ヤスジボラ | ○ | ○ | 67 | イシガレイ | ○ | ○ | |||||
| 17 | ムギツク | ○ | ○ | ○ | 40 | スズキ | ○ | ○ | ○ | 科数 | 11 | 17 | 19 | |
| 18 | カマツカ | ○ | ○ | ○ | 41 | ヒイラギ | ○ | ○ | 総魚種数 | 31 | 46 | 53 | ||
| 19 | ゼゼラ | ● | ● | 42 | シマイサキ | ○ | ○ | 移入魚種数 | 5 | 5 | 7 | |||
| 在来魚種数 | 26 | 41 | 46 | |||||||||||
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